Kedatangan Bangsa Portugis ke Maluku pertama kali dipimpin oleh Alfonso d’Albuquerque pada 1521 yang sebelumnya telah menduduki wilayah Malaka. Sesampainya Portugis di wilayah Maluku, Bangsa Portugis diterima dengan baik oleh Kerajaan Ternate yang pada saat itu sedang berkonflik dengan tetangganya, Kerajaan Tidore. Penerimaan Portugis oleh Ternate syarat akan kepentingan politik. Ternate bersekutu dengan Portugis dengan tujuan membantu melawan Kerajaan Tidore.

Portugis bersedia memberikan bantuan kepada Ternate dengan syarat Portugis diberikan hak monopoli di wilayah Maluku, mendirikan kantor dagang, dan mendirikan benteng. Pada perkembangannya Portugis tidak hanya melakukan monopoli perdagangan, tetapi juga menyebarkan agama Katholik di wilayah Ternate yang notabene merupakan kerajaan bercorak Islam.

Pada tahun 1521, bangsa Spanyol yang memiliki tujuan yang sama dengan Portugis juga sampai di Maluku. Spanyol kemudian bersekutu dengan Tidore. Perebutan wilayah diantaranya dua persekutuanpun tak terhindarkan. Konflik ini reda ketika pihak gereja mengeluarkan Perjanjian Zaragoza pada tanggal 22 April 1529.

Isi perjanjian ini mengharuskan Spanyol meninggalkan Maluku dan Portugis menguasai wilayah Maluku sepenuhnya. Penyebaran agama Katholik, monopoli yang berlebihan serta tuntutan – tuntutan yang berlebihan dari pihak Portugis kepada Ternate akhirnya mendapat perlawanan dari Raja Ternate yaitu Sultan Hairun. Pada tahun 1570, Sultan Hairun melakukan perlawanan terhadap Portugis namun dapat dipatahkan. Perlawanan Ternate berlanjut hingga kepemimpinan Sultan Baabullah. Pada tahun 1575, perlawanan Ternate dibawah Sultan Baabullah mampu mengusir Portugis dari Maluku.

Sebab Perlawanan Rakyat Ternate

1. Monopoli perdagangan Portugis
2. Portugis ikut campur dalam pemerintahan Ternate
3. Penyebaran agama Katholik
4. Keserakahan dan kesombongan Portugis

Perlawanan Ternate dibawah Kepemimpinan Sultan Hairun

Sultan Hairun merupakan raja Ternate yang sangat anti terhadap bangsa Portugis. Sultan Hairun sempat ditangkap Portugis namun dibebaskan oleh rakyatnya. Beliau tegas menentang monopoli perdagangan oleh Portugis di Ternate.

Rakyat Ternate dibawah Sultan Hairun melakukan perlawanan dengan menyerang benteng – benteng Portugis. Portugis kewalahan dalam menghadapi Ternate. Pada tahun 1570, Portugis menawarkan perdamaian kepada Sultan Hairun dengan cara meminta Sultan Hairun menghadiri pesta perdamaian di benteng Portugis. Tanpa adanya kecurigaan Sultan Hairun pun hadir. Keadaan ini kemudian dimanfaatkan oleh Portugis untuk menyerangnya. Sultan Hairun tewas dan menimbulkan kemarahan besar bagi rakyat Maluku. Perlawanan terhadap Portugis selanjutnya diteruskan oleh Sultan Baabullah, anak dari Sultan Hairun.

Perlawanan Ternate dibawah Pimpinan Baabullah

Sultan Baabullah merupakan anak dari Sultan Hairun. Bersama dengan rakyat Maluku, Sultan Baabullah menyerang Portugis. Penyerangan dipusatkan pada benteng Portugis di Ternate. Hingga lima tahun, Portugis mampu bertahan dan akhirnya menyerah pada tahun 1574 benteng Portugis mampu dikuasai. Pada tahun 1575 Portugis yang berusaha bertahan kehabisan bekal dan melarikan diri ke Hitu dan kemudian berpindah ke Timor Timur hingga tahun 1975.