Jauh ketika Malaka dikuasai Portugis, para pedagang – pedagang dari Cina, India dan Arab berpindah tempat dalam kegiatan perdagangan karena wilayah Malaka telah dimonopoli oleh Portugis. Pada perkembangannya, wilayah lain seperti Aceh, Batavia, Sulawesi Selatan, dan Maluku menjadi ramai akibat perpindahan para pedagang ini. Salah satu yang berkembang pesat adalah Sulawesi Selatan karena letaknya yang strategis yaitu dijalur perdagangan rempah – rempah menuju Maluku. Semenjak VOC menguasai wilayah Nusantara, VOC banyak melakukan intervensi terhadap kerajaan – kerajaan lokal salah satunya adalah kerajaan Goa dan Tallo. Kedua kerajaan ini kemudian bergabung menjadi Kerajaan Makassar.

Kerajaan Makassar didukung oleh para pelaut ulung. Kerajaan ini mencapai masa kejayaan pada pemerintahan Sultan Hasanudin pada tahun 1654 – 1669. Pada pertengahan abad ke 17, Kerajaan Makassar menjadi pesaing berat bagi VOC dalam bidang pelayaran dan perdagangan di wilayah Indonesia Timur. Persaingan tersebut membuat VOC melakukan berbagai cara salah satunya dengan berpura – pura membangun hubungan baik dengan Kerajaan Makassar. Upaya VOC dalam membangun hubungan baik ternyata disambut baik pula oleh Raja Makassar Sultan Hasanuddin dan VOC diizinkan berdagang di wilayah Sulawesi Selatan. Setelah mendapatkan izin berdagang, barulah VOC menunjukkan niatnya yaitu dengan mengajukan tuntutan – tuntutan kepada Sultan Hasanuddin.

Tuntutan tersebut ditentang oleh Sultan Hasanuddin dalam bentuk perlawanan dan penolakan terhadap tuntutan VOC. Terjadilah beberapa kali pertempuran antara rakyat Makassar dan VOC. Pertempuran pertama terjadi pada tahun 1633 dan dilanjutkan pertempuran kedua pada tahun 1654. Pertempuran ini disulut oleh perilaku VOC yang berusaha menghalang – halangi para pedagang yang masuk maupun keluar Pelabuhan Makassar. Dua kali upaya VOC tersebut mengalami kegagalan karena pelaut Makassar memberikan perlawanan yang sengit terhadap kompeni.

Pertempuran ketiga terjadi pada tahun 1666 – 1667 dalam bentuk pertempuran besar. Pada saat menyerang Makassar, VOC dibantu oleh pasukan Raja Bone (Aru Palaka) dan Kapten Yonker dari Ambon. Penyerangan dilakukan dalam dua arah. Angkatan laut VOC yang dipimpin Speelman menyerang Makassar dari laut sedangkan Aru Palaka yang mendarat di wilayah Bonthain berhasil memaksa suku Bugis agar melakukan pemberontakan terhadap Sultan Hasanuddin serta melakukan penyerbuan terhadap Makassar.

Perang ini berlangsung lama. Kota Makassar berhasil dipertahankan oleh Sultan Hasanuddin. Namun pada akhirnya pasukan Sultan Hasanuddin terdesak dan dipaksa melakukan perundingan. Sultan Hasanuddin dipaksa menandatangani perjanjian damai di Desa Bongaya pada tahun 1667. Perlawanan rakyat Makassar akhirnya mengalami kegagalan karena adanya taktik adu domba VOC antara Sultan Hasanuddin dan Aru Palaka. Perlawanan rakyat Makassar kemudian diarahkan ke bentuk lain diantaranya membantu Trunojoyo dan rakyat Banten dalam perlawanan terhadap VOC.