Keberadaan manusia di Nusantara diperkirakan memiliki beberapa teori dalam hal kedatangannya. Teori – teori tersebut menyebutkan bagaimana bangsa Indonesia mendiami wilayah Indonesia. Berikut adalah teori – teori asal – usul nenek moyang Bangsa Indonesia.

1. TEORI OUT OF AFRICA
Teori Out of Africa meyakini bahwa manusia modern di dunia berasal dari Afrika. Dasar dari teori ini adalah berasal dari genetika melalui penelitian DNA mitokondria gen perempuan dan gen laki – laki. Menurut Max Ingman, seorang ahli dari Amerika Serikat menyebutkan bahwa manusia modern yang ada sekarang ini berasal dari Afrika antara kurun waktu 100 ribu – 200 ribu tahun yang lalu. Dari Afrika kemudian menyebar ke seluruh dunia. Penelitian Ingman tidak menyebutkan bahwa gen manusia modern merupakan percampuran dengan gen spesies manusia purba.

Manusia Afrika melakukan migrasi ke luar Afrika diperkirakan sekitar 50.000 – 70.000 tahun silam. Perpindahan manusia purba di Afrika diperkirakan karena pola hidup mereka yang nomaden atau berpindah – pindah menyesuaikan hewan buruan. Ketika populasi manusia purba di Afrika meledak sedangkan hewan buruan semakin sedikit, memaksa manusai purba Afrika untuk mencari hewan buruan di tempat lain salah satu pilihannya adalah keluar dari Afrika. Tujuan awal mereka adalah Asia Barat dengan melewati lembah Sungai Nil, melintasi Semenanjung Sinai ke utara melewati Arab Levant dan selanjutnya melewati Laut Merah. Pada 70.000 tahun yang lalu memasuki masa glasial terakhir, permukaan laut menjadi lebih dangkal karena air masih berbentuk gletser. Dengan keadaan tersebut sangat dimungkinkan melakukan penyebarangan dengan menggunakan perahu primitif.

Setelah sampai di Asia, beberapa kelompok tinggal sementara di Timur Tengah, sedangkan yang lain melanjutkan perjalanan menuju Semenanjung Arab menuju ke India, Asia Timur, Indonesia dan bahkan ke Barat Daya Australia menggunakan teknologi rakit dan perahu sederhana yang dikembangkan oleh manusia purba, dengan ditemukannya fosil laki – laki di Lake Mungo. Para ahli menggolongkan ras awal ini dengan nama Austalomelanesoid. Jejak paling kuat untuk membuktikan Teori Out of Afrika sampai ke Australia ini adalah dengan menggunakan jejak genetika.

2. TEORI YUNAN
Teori Yunan menyebutkan bahwa asal – usul nenek moyang kita berasal dari Yunan, Cina. Teori ini didukung oleh Moh. Ali yang berpendapat bahwa bangsa Indonesia berasal dari daerah Mongol yang terdesak oleh bangsa – bangsa yang lebih kuat sehingga mencari tempat perlindungan dengan bermigrasi ke arah selatan. Selain Moh. Ali, teori ini juga didukung R.H. Geldern dan J.H.C. Kern. Dasar keduanya adalah :

• Penemuan kapak tua di wilayah Nusantara yang memiliki kemiripan dengan kapak tua yang ditemukan di kawasan Asia Tenggara. Dengan adanya kemiripan tersebut dapat disimpulkan bahwa terjadi migrasi di wilayah Asia Tenggara.
• Bahasa Melayu yang berkembang di wilayah Nusantara memiliki kemiripan dengan bahasa Champa, Kamboja. Hal ini dimungkinkan adanya penyebaran penduduk Champa yang ada di dataran Yunnan, Kamboja menyusuri Sungai Mekong yang selanjutnya menuju Nusantara.

Menurut teori ini penyebaran penduduk Indonesia selanjutnya terbagi menjadi tiga gelombang yaitu gelombang orang negrito, proto melayu dan deutro melayu.

• Orang Negrito
  Orang negrito diperkirakan memasuki wilayah Kepulauan Nusantara sejak 1000 SM. Para ahli meyakini bahwa orang negrito adalah penduduk paling awal wilayah Kepulauan Nusantara. Hal ini dikaitkan dengan penemuan arkeologi di gua Cha, Malaysia. Pada perkembangannya, orang Negrito kemudian menurunkan orang Semang. Ciri fisik dari orang Negrito diantaranya berkulit gelap, rambut keriting, hidung lebar dan bibir tebal. Diwilayah Indonesia, ras Negrito terbanyak mendiami wilayah timur salah satunya adalah Papua. Keturunan ini yang berada di wilayah Indonesia diantaranya terdapat di pedalaman Riau yaitu suku Siak (Sakai) dan Papua melanesoid yang mendiami pulau Papua dan Melanesia.
• Proto Melayu
  Perpindahan orang Proto Melayu ke Indonesia diperkirakan terjadi sejak 2500 SM. Sebutan Proto Melayu adalah penyebutan orang – orang yang melakukan migrasi pada gelombang pertama ke wilayah Nusantara. Yang termasuk orang – orang Proto Melayu diantaranya suku Toraja, Dayak, Sasak, Nias, Rejang, dan Batak. Orang Proto Melayu memiliki keahlian bercocok tanam lebih baik daripada orang Negrito.
• Deutro Melayu
  Deutro Melayu merupakan pendatang kedua dari orang – orang Melayu. Diperkirakan migrasi Deutro Melayu ke Indonesia terjadi pada 1500 SM. Suku bangsa Deutro Melayu diantaranya menurunkan orang Minangkabau, Aceh, Sunda, Jawa, Melayu, Betawi dan Manado.

Seperti yang dijelaskan pada Teori Out of Afrika, penghuni awal dari Nusantara adalah bangsa Australomelanesoid. Kedatangan ras baru yaitu ras Melayu menyebabkan terjadinya percampuran budaya diantara keduanya. Ras Melayu awal yang datang yaitu ras Proto Melayu yang datang dari Filipina kemudian menyebar ke Sulawesi untuk selanjutnya menyebar ke pelosok Nusantara. Kebudayaan yang dibawa sering disebut dengan kebudayaan Neolitik. Barulah periode berikutnya Deutro Melayu atau Melayu Muda datang dari semenanjung Malaya dan menyebar ke penjuru Indonesia.

3. TEORI NUSANTARA
Teori Nusantara meyakini bahwa asal – usul bangsa Indonesia berasal dari Nusantara sendiri. Teori ini antara lain didukung oleh Muhammad Yamin, Gorys Keraf dan J. Crawford. Teori ini dilandasi beberapa argumen, diantaranya :

• Adanya keyakinan peradaban tinggi bangsa melayu yang diperkirakan merupakan pencapaian perkembangan dari budaya sebelumnya sebagai kebudayaan asli dari bangsa Nusantara.
• Persamaan bahasa Melayu dan Champa dianggap hanya suatu kebetulan.
• Adanya kemungkinan bahwa orang Melayu merupakan keturunanan Homo Soloensis dan Homo Wajakensis
• Adanya perbedaan bahasa Austronesia yang berkembang di Nusantara dengan di Indo-Eropa yang berkembang di Asia Tengah.

4. TEORI OUT OF TAIWAN
Teori Out of Taiwan meyakini bahwa bangsa Indonesia berasal dari Taiwan, bukan dataran Cina. Teori ini didukung oleh Harry Truman Simanjuntak. Menurut pendekatan linguitic, bahasa – bahasa yang digunakan suku – suku di Nusantara memiliki rumpun yang sama yaitu rumpun Austronesia. Dapat disimpulkan bahwa akar dari keseluruhan cabang yang digunakan leluhur Nusantara berasal dari bahasa yang sama yaitu berasal dari rumpun Austronesia di Formosa atau dikenal dengan rumpun Taiwan. Selain itu, menurut riset genetika yang dilakukan pada ribuan kromosom tidak menemukan adanya kecocokan pola genetik dengan wilayah Cina.