Akibat Trikora ini, Belanda terpaksa mundur dan menandatangani sebuah perjanjian New York tanggal 15 Agustus 1962. Kemudian tanggal 1 Oktober dilakukan penyerahan penyelenggaraan administrasi pemerintah kepada UNTEA.

Setelah itu pada tanggal 1 Mei 1963, PBB menyerahkan wilayah Irian barat kepada Indonesia. Sejak itu, Indonesia diharuskan melakukan pengembangan daerah irian dalam rentang waktu 1963 hingga tahun 1969, sebagai tahun penentuan nasib Irian untuk memilih, apakah bergabung atau tidak dengan Indonesia.

Namun, perjalanan tidak begitu mulus, ujian datang dari Gubernur asli Irian Jaya pertama saat itu, Elias Jan Bonay yang berubah haluan dengan menggunakan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) untuk kemerdekaan Irian Barat dan disampaikan kepada PBB.

Akibat itu, ia dicopot dari jabatannya sebagai Gubernur dan digantikan oleh Frans Kaisiepo. Dalam tugasnya tersebut, Frans berupaya untuk mengajak masyarakat Irian agar mau bergabung dengan Indonesia.

Meskipun tugas yang dilakukan Frans untuk membuat masyarakat Irian bergabung dengan Indonesia cukup mendapat tantangan tersendiri oleh penduduk lokal. Namun usahanya berbuah manis, Irian akhirnya resmi bergabung menjadi bagian dari Indonesia melalui Pepera pada tahun 1969.

Berbeda dengan Frans, mantan Gubernur Elias Jan Bonay yang merasa kecewa, beberapa waktu kemudian memilih bergabung dengan Operasi Papua Merdeka (OPM). Ia pada tahun 1970 akhirnya pergi dan bermukim di negara Belanda.

Sementara keberhasilan Frans yang teruji tersebut membuat dirinya diangkat menjadi anggota MPR RI serta pernah menjadi Dewan Pertimbangan Agung (DPA) RI, kiprah perpolitikan tersebut dijalankan olehnya dalam rentang tahun 1973-1979.

Pahlawan Nasional Indonesia tersebut, pada tanggal 10 April 1979 meninggal dunia dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Cenderawasih, Biak.

Atas jasanya, ia dianugerahi penghargaan Trikora dan Pepera oleh pemerintah Indonesia. Namanya yang harum tersebut diabadikan menjadi nama bandara internasional di Biak, Frans Kaisiepo, serta menjadi nama dari Kapal perang TNI Angkatan Laut, KRI Frans Kaisiepo.

30 tahun berselang sejak masa Pepera Irian, tahun 1993, berdasarkan Keputusan Presiden nomor 077/TK/1993 nama Frans Kaisiepo ditetapkan sebagai pahlawan nasional Indonesia dari Papua.