Penghianatan Tumenggung Endranata terhadap Sultan Agung, membawa petaka bagi Kerajaan Islam Mataram. Akibat ulahnya, terjadi perang saudara antara Sultan Agung dengan Adipati Pragola II, penguasa Pati.

Sultan Agung dengan Adipati Pragola II masih memiliki hubungan saudara. Tetapi, karena hasutan dari Tumenggung Endranata, bahwa Pragola akan memberontak, Sultan Agung mengambil tindakan tegas menyerang Pati.

Serangan ini bahkan dipimpin sendiri oleh Sultan Agung. Menurut cerita lisan Serat Kandha, Sultan Agung mengatur pasukan dengan bagian depan dan tengah dipimpin oleh Pangeran Sumedang, Adipati Martalaya.

Baca: Cinta Terlarang Amangkurat I dengan Ratu Malang dan Dikurungnya 60 Dayang

Dalam serangan itu, Adipati Martalaya membawa pasukan dari Madura, Kedu, Bagelen, dan Pamijen. Sedang di bagian belakang pasukan, ada keluarga kerajaan, dan kapendak di barisan Mataram. Perang berkecamuk dengan heroik.

Saat Pragolo meringsek maju menyerang, Sultan Agung membunyikan gong pusaka Kyai Bicak. Tetapi serangan Pragolo yang seperti orang kesetanan, membuat pasukan Sultan Agung mundur. Hal ini membuat Sultan Agung gentar.

Dia lalu memberikan tombak pusaka Kyai Baru, kepada lurah dari para kapendak, Naya Derma. Sultan Agung kembali memukul gong saktinya. Seketika, tombak dihunus dan mengenai Pragolo. Darah pun tumpah, Pragolo tewas.

Perang ini memakan biaya yang sangat besar. Sebanyak 150.000 orang Pati tewas dibunuh tentara Kerajaan Mataram. Sedang dari pihak Mataram, korban jiwa jauh lebih besar lagi, mencapai 200.000 orang. Setelah berhasil memprovokasi Sultan Agung untuk menyerang Pati dan membunuh Pragolo, Tumenggung Endranata melakukan pengkhianatan yang lebih besar. Dia membocorkan rencana penyerangan Mataram ke Jayakarta.

Tidak hanya itu, dia juga memberi tahu pihak Belanda, di mana lokasi lumbung-lumbung pangan prajurit Kerajaan Mataram. Akibatnya pengkhianatan ini, lumbung makanan dan perahu-perahu prajurit Mataram dibakar habis.

Para prajurit Mataram juga diburu sampai Tegal dan Cirebon oleh pasukan VOC. Alhasil, bahan makanan prajurit Mataram menipis. Hal ini menimbulkan kelaparan dan penderitaan yang amat perih bagi Mataram.

Baca: Sultan Agung Penggal Adipati Priangan di Alun-Alun Mataram

Sultan Agung yang mengetahui hal itu sangat marah. Dia tidak menyangka, ternyata orang yang dia percaya selama ini telah mengkhianatinya. Tumenggung Endranata akhirnya ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.

Mayatnya kemudian dimutilasi. Tubuhnya dipotong-potong menjadi tiga bagian dan dikubur diarea Pemakaman Imogiri yang berada di sebelah selatan Makam Griloyo, yaitu Gunung Merak yang kemudian dinamakan Pajimatan Imogiri.

Kapalanya lalu dipotong dan dikubur di tengah-tengah Gapura Supir Urang. Badannya dikubur di bawah tangga dekat Gapura Supit Urang, di bagian anak tangga yang permukaannya tidak rata. Sedang kakinya dikubur di tengah kolam.

Tindakan sadis itu dilakukan Sultan Agung, sebagai pelajaran bagi setiap orang yang datang mengunjungi makam Imogiri, akan menginjak potongan tubuh Tumenggung Endranata. Hal ini sekaligus peringatan bagi pengkhianat.